脸上起扁平疣可采取以下方式治疗：
一、药物治疗：倘若扁平疣不太严重，往往可外用诸如水杨酸软膏、维A酸软膏或咪喹莫特乳膏进行涂抹，这能够起到去除扁平疣的效果，有助于症状的恢复。水杨酸软膏可软化角质，促进扁平疣消退；维A酸软膏能调节表皮细胞增殖和分化，对扁平疣有改善作用；咪喹莫特乳膏可诱导机体产生抗病毒免疫反应来对抗扁平疣。
二、激光治疗：一般扁平疣数量较少时，可通过激光手术进行治疗，利用高温使皮损组织碳化，从而实现去除的目的。激光具有精准性高、创伤小等特点。
三、液氮冷冻治疗：通过低温促使组织坏死脱落，以此达到去除扁平疣的成效，其操作简便且较为安全。液氮冷冻可使扁平疣组织细胞形成冰晶，破坏细胞结构。
总之，针对脸上的扁平疣，可根据具体情况选择合适的治疗方法。