脸上起扁平疣可通过以下方式治疗：
一、药物治疗：若扁平疣不太严重，通常可外用以下药物来达到去除目的，助力症状恢复。
1.水杨酸软膏：可帮助去除扁平疣。
2.维A酸软膏：能起到一定作用。
3.咪喹莫特乳膏：对扁平疣有效果。
二、激光治疗：当扁平疣数目较少时，可利用激光手术治疗，通过高温使皮损组织碳化以实现去除。
三、液氮冷冻治疗：凭借低温让组织坏死脱落，从而达到去除扁平疣的效果，操作简便且较为安全。
总结概况提示：扁平疣的治疗有药物、激光、液氮冷冻等多种方法，可根据扁平疣的具体情况选择合适的方式。