女性急性泌尿系感染主要是由细菌等病原体入侵泌尿系统引起的，大约50%~70%的女性在一生中至少会发生一次急性泌尿系感染。
致病菌方面的原因
大肠埃希菌为主： 引起女性急性泌尿系感染最常见的致病菌是大肠埃希菌，约占80%~90%。这种细菌通常寄生于肠道内，当机体抵抗力下降或尿道黏膜有损伤时，就容易从尿道逆行进入泌尿系统引发感染。其他致病菌： 变形杆菌、克雷伯菌等也可能导致女性急性泌尿系感染，不过相对大肠埃希菌来说占比稍低。
自身因素相关原因
生理结构特点： 女性的尿道较短，大约只有3~5厘米，而且尿道外口靠近肛门，距离阴道也比较近，这使得细菌更容易侵入尿道。据统计，女性尿道短且宽的结构特点使得其泌尿系感染的几率比男性高很多。经期卫生问题： 女性在月经期间，经血是细菌良好的培养基，如果不注意经期卫生，使用不合格的卫生巾或卫生棉条，就会增加泌尿系统感染的风险。比如经期长时间不更换卫生巾，细菌就容易滋生并侵入尿道。性生活影响： 性生活时会将尿道口周围的细菌挤压入尿道，从而引发感染。尤其是新婚女性，由于性生活相对频繁，急性泌尿系感染的发生率会有所升高。
泌尿系统结构异常因素
尿路梗阻： 如果女性存在泌尿系统结石、先天性尿路畸形等情况，会导致尿液排出不畅，尿液在尿路中潴留，为细菌的生长繁殖提供了有利环境，进而容易引发急性泌尿系感染。例如患有输尿管结石的女性，结石会阻碍尿液正常流动，使细菌在局部大量繁殖而致病。膀胱输尿管反流： 当存在膀胱输尿管反流时，尿液会从膀胱逆流回输尿管甚至肾盂，细菌也会随之逆流而上，容易引起泌尿系统感染。这种情况在一些先天性尿路发育异常的女性中较为常见。