治口腔溃疡较有效的药物有局部用药和全身用药等。局部用药中，含漱剂如0.1%依沙吖啶溶液，可用于清洁口腔、杀菌消炎，一般每天含漱数次；含片如西地碘含片，能在口腔内缓慢释放碘，有杀菌、抗感染作用，一次含服1片，一天3-5次。
局部外用药物
含漱剂类：除了0.1%依沙吖啶溶液，还有氯己定含漱液，它能有效抑制口腔内的细菌，一般每次含漱10-15毫升，每天2-3次。含片类：西瓜霜含片也是常用的，具有消肿止痛的功效，含服时每次1片，每隔一段时间含服一次。
局部涂抹药物
凝胶类：如重组人表皮生长因子凝胶，能促进溃疡面的愈合，直接涂抹于溃疡部位，每天可涂抹数次。散剂类：冰硼散也是常见的，将其撒于溃疡处，有清热解毒、消肿止痛的作用，不过儿童使用时要注意避免误吞。
全身用药情况
维生素类：当口腔溃疡是因缺乏维生素引起时，可补充维生素B2等。一般成人每天补充维生素B2的量约为5-10毫克，但需在医生指导下使用，儿童的用量则要根据年龄等因素调整。免疫调节剂：对于反复发生且较严重的口腔溃疡，可能会用到免疫调节剂，如转移因子胶囊等，它能调节机体免疫功能，但使用时要遵循医生的建议，比如成人一般一次服用3-6毫克，一天2-3次，儿童用量需按体重等计算。需要注意的是，不同原因引起的口腔溃疡适用的药物不同，而且在使用药物前最好先明确口腔溃疡的病因，若口腔溃疡长期不愈合或反复发作，应及时就医，避免自行盲目用药延误病情。