每天早上都会肚子疼可能由多种原因引起。比如，胃肠道功能紊乱可能导致这种情况，一般来说，约有10% - 20%的人群会受到胃肠道功能紊乱的困扰。
一、胃肠道疾病因素
1. 十二指肠溃疡
十二指肠溃疡患者常常会在空腹时出现疼痛，早上空腹状态下，胃酸分泌相对较多，刺激溃疡部位就容易引发肚子疼。这类患者通常疼痛有一定规律性，多在餐后2 - 4小时出现，也就是空腹时明显，进食后可缓解。
2. 胃炎
慢性浅表性胃炎或萎缩性胃炎等都可能导致早上肚子疼。如果是慢性胃炎，胃黏膜长期受到炎症刺激，早上胃部开始活动，就可能引发疼痛。比如幽门螺杆菌感染引起的胃炎，约有50%以上的慢性胃炎与幽门螺杆菌感染有关，炎症刺激会影响胃部正常的消化功能，进而导致早上肚子疼。
二、腹部脏器病变因素
1. 胆囊炎
胆囊炎患者早上肚子疼也较为常见。尤其是在夜间睡眠时，胆囊内胆汁浓缩，早上起床活动后，胆囊收缩，若胆囊有炎症，就会引起右上腹疼痛，疼痛可能放射到右侧肩部等部位。一般来说，胆囊炎患者中约有30% - 50%会在进食油腻食物后或晨起时发作疼痛。
2. 胰腺炎
急性胰腺炎发作时可能会有腹痛症状，部分患者早上会出现肚子疼的情况。胰腺炎多与暴饮暴食、胆道疾病等有关，胰腺炎症刺激周围组织，导致腹部疼痛，疼痛程度较为剧烈，可能伴有恶心、呕吐等症状。
三、饮食及生活习惯因素
1. 饮食不当
前一天晚上进食过多辛辣、油腻、刺激性食物，会加重胃肠道负担，早上就可能出现肚子疼。例如，晚上吃了大量油炸食品，油脂难以消化，刺激胃肠道，引发早上腹痛。
2. 腹部着凉
晚上睡觉没盖好被子，腹部着凉，胃肠道受到寒冷刺激，会引起胃肠道痉挛，导致早上肚子疼。尤其是在季节更替时，这种情况更为常见，约有20%左右的人会因为腹部着凉出现晨起腹痛。