甲状腺炎是由多种原因引起的，比如自身免疫因素，约有85%的慢性淋巴细胞性甲状腺炎与自身免疫有关，患者体内会产生攻击甲状腺的自身抗体；感染因素也可能引发甲状腺炎，像病毒感染就比较常见，比如柯萨奇病毒、腮腺炎病毒等感染后，约10% - 20%的患者会继发甲状腺炎；还有放射性损伤，头颈部接受过放射性治疗的人群，患甲状腺炎的风险会增加。
自身免疫因素相关
自身抗体产生： 当人体自身免疫系统出现紊乱时，会错误地将甲状腺组织当作外来异物进行攻击。例如在慢性淋巴细胞性甲状腺炎中，机体产生的抗甲状腺过氧化物酶抗体、抗甲状腺球蛋白抗体等自身抗体，会持续破坏甲状腺细胞，影响甲状腺的正常功能。遗传易感性： 研究发现，自身免疫性甲状腺炎具有一定的遗传倾向。如果家族中有亲属患有自身免疫性甲状腺炎，那么其他家庭成员患该病的几率会比普通人群高一些，但具体的遗传方式还在进一步研究中。
感染因素相关
病毒感染引发： 像前面提到的柯萨奇病毒感染人体后，可能会引起甲状腺组织的炎症反应。一般在病毒感染后的1 - 3周左右，可能会出现甲状腺炎的相关症状，如甲状腺部位疼痛、肿大等。腮腺炎病毒感染也可能导致甲状腺炎，患者除了有腮腺炎的表现外，还可能伴有甲状腺功能的异常。细菌感染影响： 虽然相对病毒感染来说，细菌感染引发甲状腺炎的情况较少，但一些特定细菌感染也可能波及甲状腺。比如金黄色葡萄球菌等细菌感染颈部组织时，有可能蔓延至甲状腺，引起甲状腺的炎症反应，但这种情况相对病毒感染来说比较少见。
放射性损伤相关
放疗后的影响： 当患者因头颈部的恶性肿瘤，如鼻咽癌、甲状腺癌等接受放射性治疗时，甲状腺组织会受到射线的照射。射线会损伤甲状腺细胞的DNA等结构，导致甲状腺细胞功能受损，进而引发甲状腺炎。一般在放疗后的数月至数年不等的时间内，可能会逐渐出现甲状腺炎的症状，而且不同的放疗剂量和照射范围对甲状腺的影响程度也有所不同。放射性物质接触： 长期处于含有放射性物质环境中的人群，比如核泄漏地区附近的居民，甲状腺受到放射性物质的慢性照射，也会增加患甲状腺炎的风险。不过这种情况相对放疗来说更为罕见，但一旦接触到放射性物质，对甲状腺的损害是需要关注的。