引起甲状腺炎的原因有多种。一般来说，自身免疫因素是常见的一个重要原因，比如自身免疫性甲状腺炎，约有10%-15%的人群可能会因为自身免疫系统紊乱，错误地攻击甲状腺组织而引发甲状腺炎。
自身免疫因素相关
自身免疫性甲状腺炎： 当人体的免疫系统出现异常时，免疫系统会把甲状腺当作外来异物进行攻击。例如，遗传因素可能会增加自身免疫性甲状腺炎的发病风险，有家族史的人群相对更容易患上这类甲状腺炎。其他自身免疫性疾病关联： 像1型糖尿病患者，同时患甲状腺炎的概率比普通人要高一些，这也体现了自身免疫因素在甲状腺炎发病中的作用。
感染因素导致
病毒感染： 比如病毒性上呼吸道感染，一些病毒感染后可能会引发甲状腺炎症。有研究发现，约有1/3的亚急性甲状腺炎患者在发病前1-3周有病毒感染史，像柯萨奇病毒、流感病毒等都可能是诱因。细菌感染： 虽然相对病毒感染来说较少见，但某些细菌感染也可能波及甲状腺，引起甲状腺炎症反应。不过细菌感染导致甲状腺炎的情况不如病毒感染那么普遍。
放射性损伤引起
放射性治疗： 比如头颈部接受过放射性治疗的患者，患甲状腺炎的风险会增加。在进行颈部恶性肿瘤放射性治疗后，甲状腺组织受到辐射影响，容易出现炎症反应。一般在放射性治疗后数月至数年可能会逐渐出现甲状腺炎相关症状。环境放射性暴露： 长期处于放射性污染环境中，也可能对甲状腺造成损伤，引发甲状腺炎，但这种情况相对放射性治疗来说发生率较低。