多器官功能衰竭的预后存在较大差异，总体来说，病情较轻、治疗及时的患者有一定治好的可能，不过也有部分患者难以治愈。据统计，一些早期发现并得到有效救治的多器官功能衰竭患者，治愈率可能在30%左右，但这也受到多种因素影响。
影响预后的关键因素
原发病情况： 如果原发病是可以迅速控制的，比如由单纯感染引起的多器官功能衰竭，在感染得到有效控制后，器官功能恢复的可能性相对大些。但如果原发病是不可逆转的，像严重的遗传性疾病导致的多器官功能衰竭，预后通常较差。发病时器官衰竭的数量： 当只有1 - 2个器官衰竭时，通过积极治疗，器官功能恢复的几率相对较高。而如果同时有3个及以上器官衰竭，治疗难度会大幅增加，治愈率会明显降低。
治疗方式的影响
支持治疗很关键： 比如呼吸支持，使用呼吸机维持患者呼吸功能，让受损的肺部有恢复的时间。循环支持方面，通过使用血管活性药物维持血压，保证各器官的血液灌注。如果能有效进行这些支持治疗，为器官恢复创造条件，就有可能提高治好的机会。针对性治疗： 要是多器官功能衰竭是由感染引起的，需要积极查找病原体，使用敏感的抗生素进行抗感染治疗。当感染得到控制后，器官功能也有可能逐渐恢复。但如果病原体耐药或者感染难以控制，就会严重影响预后。
患者自身状况的作用
年龄因素： 年轻患者身体的代偿能力相对较强，在面对多器官功能衰竭时，恢复的可能性比老年患者大一些。老年患者各器官功能本身就处于衰退状态，发生多器官功能衰竭后，器官恢复的能力更弱。基础健康状况： 本身没有其他严重基础疾病的患者，在发生多器官功能衰竭后，通过治疗恢复的几率相对更高。而本身有糖尿病、高血压等多种基础疾病的患者，治疗难度更大，治好的可能性相对较低。