多器官功能衰竭的预后情况因个体差异而异，部分患者经过及时、有效的救治有恢复的可能，但也有很大一部分预后不佳。一般来说，病情发现得越早、基础身体状况越好、引发多器官功能衰竭的原发病越容易控制，恢复的几率相对越高，不过整体死亡率较高，大约在30%~80%左右。
发病原因与病情影响
感染因素： 严重的细菌、病毒、真菌等感染是引发多器官功能衰竭的常见原因。比如重症肺炎导致的感染，可能会逐步影响多个器官功能。创伤与大手术： 严重的创伤，像多发性骨折、大面积烧伤，以及大手术后，身体的应激反应可能引发多器官功能衰竭。例如重大心脏手术后，心脏功能受损可能连累其他器官。
治疗的关键环节
生命支持治疗： 需要通过机械通气来维持呼吸功能，对于循环不稳定的患者要进行血流动力学支持，比如使用血管活性药物维持血压等。控制原发病： 如果是感染引起的，要积极选用敏感的抗生素等药物控制感染；若是创伤导致的，要处理好创伤部位等。比如感染性多器官功能衰竭，要尽快明确病原体并针对性用药控制感染。
预后的相关影响因素
年龄因素： 老年人身体各器官功能本身有所衰退，发生多器官功能衰竭后恢复相对更难；而年轻患者身体代偿能力相对较强，恢复几率相对高一些，但这也不是绝对的。器官衰竭的数量： 如果是单个器官衰竭经过治疗恢复后，患者有一定恢复可能；但如果是多个器官同时或相继衰竭，治疗难度大大增加，恢复几率会明显降低。治疗开始时间： 发病后能在6小时内得到有效治疗，患者恢复的可能性要比延误治疗数天的患者高很多。