早上起来肚子不舒服的原因包括胃肠炎、食物中毒、肿瘤、心理作用等。
一、胃肠炎：这通常是由于食用了不洁净的食物导致微生物感染，进而引发肠胃炎，从而出现早上起来肚子不舒服的状况。患者可能会有腹痛、腹泻等症状。对于这种情况，可在医生指导下适当补充电解质水来缓解症状，以维持身体的电解质平衡。
二、食物中毒：如果食用了带有毒性的食物，比如河豚、毒蘑菇、保存不善的四季豆、扁豆等，就可能发生胃肠型食物中毒，表现为恶心、呕吐、腹痛、腹泻以及肚子不舒服等。一旦出现这种情况应尽快前往医院就医，医生一般会采取洗胃等治疗措施来清除体内的毒物。
三、肿瘤：患有肿瘤的患者在病情初期可能会感觉到肚子不舒服，同时可能伴有腹痛、腹胀、便血等症状，而且所引发的疼痛往往具有一定的持续性。如果怀疑有肿瘤，需要进一步做相关检查来明确诊断。
四、心理作用：很多时候是因为心里有负担，比如当天有不愿意做的事情，如考试、上班等，在这种心理作用下，由于胃肠道的应激反应，就会出现早上起来肚子不舒服的情况。
若频繁出现早上起来肚子不舒服的情况，绝不能忽视大意，应及时到医院就诊，以便医生能根据具体情况给予针对性的治疗。
总之，早上起来肚子不舒服可能由多种原因引起，要根据具体表现和相关检查来明确原因，并采取合适的治疗措施。