功能性消化不良可以使用抑酸剂、促胃肠动力药等药物来缓解症状。一般来说，常用的抑酸剂如质子泵抑制剂，像奥美拉唑等，能有效减少胃酸分泌，缓解因胃酸过多引起的消化不良症状；促胃肠动力药如多潘立酮，可加快胃肠蠕动，帮助消化。
抑酸剂类药物
质子泵抑制剂：这类药物能特异性地作用于胃黏膜壁细胞，抑制胃酸分泌。例如奥美拉唑，它通过抑制胃壁细胞上的H+-K+-ATP酶，从而减少胃酸的分泌，一般可缓解功能性消化不良患者胃酸过多导致的烧心、反酸等症状。H2受体拮抗剂：像雷尼替丁，能竞争性阻断组胺H2受体，减少胃酸分泌，对功能性消化不良引起的上腹部疼痛、反酸等有一定的缓解作用，但相对质子泵抑制剂，其抑酸作用稍弱一些。
促胃肠动力药
多巴胺受体拮抗剂：多潘立酮是比较常用的，它可以直接作用于胃肠壁，增加胃肠道的蠕动和张力，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，从而改善功能性消化不良患者的腹胀、早饱等症状。不过，老年人使用时要注意可能存在的心脏方面的风险，需在医生指导下使用。5-羟色胺受体激动剂：比如莫沙必利，它能选择性地激动5-羟色胺4（5-HT4）受体，促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道运动，改善功能性消化不良患者的消化不良症状，且对心脏的影响相对较小。
助消化药物
酶制剂：例如复方消化酶胶囊，里面含有多种消化酶，如胰蛋白酶、胰淀粉酶、胰脂肪酶等，能促进食物的消化，对于功能性消化不良患者因消化功能减弱引起的腹胀、食欲不振等有一定的帮助。一般来说，可在进餐时或餐后服用。益生菌类：像双歧杆菌四联活菌片，含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等有益菌，能调节肠道菌群，改善肠道功能，间接缓解功能性消化不良相关的消化不良症状，尤其适用于伴有肠道菌群失调的患者。