功能性消化不良的用药需根据具体症状来选择。若有消化不良、早饱等症状，可使用促胃肠动力药，如多潘立酮；伴有明显上腹痛、反酸等症状，可选用抑酸剂，像奥美拉唑；有明显焦虑、抑郁等精神因素相关症状，可考虑使用抗抑郁药，如阿米替林。
促胃肠动力药
适用于以腹胀、早饱、嗳气等为主要症状者。多潘立酮能促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解消化不良相关不适。但对于孕妇、哺乳期妇女需谨慎使用，儿童使用也需遵循严格的剂量要求。
抑酸剂
对于有上腹痛、反酸、烧心等症状的患者适用。奥美拉唑是常见的质子泵抑制剂，能抑制胃酸分泌。不过，长期使用可能会有一些潜在风险，老年人使用时需关注肾功能等情况，且应避免与一些相互作用的药物同时使用。
抗抑郁药
当功能性消化不良伴有明显精神心理因素，如焦虑、抑郁时可考虑使用。阿米替林有一定抗抑郁作用，但可能会引起口干、嗜睡等不良反应，老年患者使用时要注意药物对认知功能等的影响，需在医生严密监测下使用。