功能性消化不良可以使用促胃肠动力药、抑制胃酸分泌药等。一般来说，促胃肠动力药如多潘立酮，可在一定程度上改善症状。
促胃肠动力药
多潘立酮： 能促进胃肠蠕动，加快胃排空，通常可缓解消化不良引起的腹胀、早饱等症状。它主要是通过作用于胃肠壁，增强食管下部括约肌张力，防止胃食管反流，同时促进胃蠕动和排空。莫沙必利： 也是常用的促胃肠动力药，可改善功能性消化不良患者的消化不良症状，如烧心、早饱、上腹胀等。它通过兴奋胃肠道胆碱能中间神经元及肌间神经丛的5-羟色胺4（5-HT4）受体，促进乙酰胆碱的释放，从而增强胃肠道运动。
抑制胃酸分泌药
质子泵抑制剂（PPI）： 像奥美拉唑，适用于伴有胃灼热、反酸、上腹痛等症状的功能性消化不良患者。它能特异性地抑制胃壁细胞顶端膜构成的分泌性微管和胞浆内的管状泡上的H+-K+-ATP酶，从而有效地抑制胃酸的分泌。一般来说，对于有明显反酸等症状的患者，使用这类药物能起到较好的缓解作用。H2受体拮抗剂： 例如雷尼替丁，也可用于缓解功能性消化不良患者的胃酸相关症状。它能选择性地竞争结合胃壁细胞上的H2受体，使壁细胞分泌胃酸减少。不过相对质子泵抑制剂，其抑制胃酸分泌的作用强度和持续时间可能稍弱一些。
助消化药
消化酶制剂： 如复方消化酶胶囊，含有多种消化酶，能促进食物的消化，改善因消化不良导致的腹胀、食欲不佳等情况。当患者存在消化功能减弱，进食后出现消化不良表现时，使用这类药物可以帮助消化食物中的蛋白质、脂肪和碳水化合物等。乳酸菌素片： 可在肠道内形成保护层，阻止病原菌、病毒的侵袭，还能刺激肠道分泌抗体，提高肠道免疫力，并且能够促进胃液分泌，增强消化功能。对于一些因肠道菌群失调或消化功能弱引起的功能性消化不良有一定的改善作用。