戒烟后咳嗽厉害，主要是因为长期吸烟使呼吸道的纤毛受损，纤毛原本能清扫呼吸道异物，受损后清扫功能下降，气道内的分泌物等堆积，就会刺激咳嗽感受器引发咳嗽，一般这种情况会持续数周甚至数月。
身体自我修复机制导致
呼吸道黏膜修复： 当戒烟后，呼吸道黏膜开始自我修复。原本被烟草烟雾损害的黏膜细胞会逐渐更新，在修复过程中，会产生更多的分泌物来清理呼吸道内残留的有害物质，从而刺激咳嗽反射。例如，有研究发现，戒烟后1 - 3个月内，这种因黏膜修复引起的咳嗽较为常见。神经末梢敏感化： 长期吸烟使呼吸道的神经末梢处于一种被刺激的状态，变得敏感。戒烟后，神经末梢需要重新调整，在这个过程中，对气道内轻微的刺激也会过度反应，引发咳嗽。比如，空气稍有变化或者气道内有少量分泌物，就可能触发咳嗽。
气道炎症反应阶段
炎症因子释放： 吸烟会导致呼吸道炎症，戒烟后，体内的炎症因子还会持续释放一段时间。这些炎症因子会进一步刺激气道，引起咳嗽。像肿瘤坏死因子等炎症因子，在戒烟后的一段时间内仍会活跃，持续刺激气道黏膜导致咳嗽。免疫细胞变化： 吸烟影响了呼吸道的免疫细胞功能，戒烟后，免疫细胞需要恢复正常功能，在这个过程中会出现一系列反应，其中就包括咳嗽。例如，巨噬细胞等免疫细胞在清理呼吸道内残留的烟雾成分时，会引发局部的炎症反应，进而导致咳嗽。
个体差异影响
年龄因素： 老年人戒烟后咳嗽可能更厉害一些。因为老年人的呼吸道功能相对较弱，黏膜修复能力和免疫功能都比年轻人差，所以在戒烟后，呼吸道的自我修复和炎症反应过程会更缓慢，咳嗽持续的时间可能会更长。一般60岁以上的老年人戒烟后，咳嗽持续超过2个月的比例相对较高。既往健康状况： 本身有慢性呼吸道疾病的人，如慢性支气管炎、肺气肿患者，戒烟后咳嗽会更严重。这类人群的呼吸道原本就处于不健康状态，戒烟后，呼吸道内环境的改变会进一步加重炎症和气道的高反应性，咳嗽症状会比没有基础疾病的人更明显。比如，有慢性支气管炎病史的人戒烟后，咳嗽可能会从偶尔发作变为频繁发作，且痰液分泌增多。