戒烟后咳嗽厉害，主要是因为长期吸烟使呼吸道的纤毛受损，纤毛原本能清扫呼吸道异物，受损后清扫功能下降，呼吸道内的分泌物等就容易积聚，从而引发咳嗽，一般这种情况可能会持续数周甚至数月。
身体自我修复机制导致
呼吸道纤毛恢复： 吸烟会损伤呼吸道的纤毛，戒烟后，纤毛开始逐渐恢复正常功能。在纤毛恢复过程中，会不断清除呼吸道内堆积的黏液、灰尘等异物，这个过程就会刺激呼吸道，引起咳嗽。一般纤毛完全恢复正常大概需要1 - 3个月左右的时间，在此期间咳嗽可能会比较明显。肺部巨噬细胞活跃： 长期吸烟会影响肺部巨噬细胞的功能，戒烟后，肺部巨噬细胞开始活跃起来，积极吞噬和清除肺部因吸烟而积累的有害物质，这一过程也会引发咳嗽反应，帮助肺部清理“垃圾”。
气道高反应性表现
气道敏感性改变： 吸烟会使气道处于高反应状态，戒烟后，气道的敏感性需要一段时间来调整。当受到冷空气、异味等刺激时，原本高反应的气道就更容易出现痉挛、收缩，进而引发咳嗽。比如在接触冷空气时，戒烟者可能比不吸烟者更易出现咳嗽症状。神经调节变化： 吸烟会干扰呼吸道的神经调节，戒烟后神经调节需要重新平衡。呼吸道内的神经感受器在这个过程中会变得比较敏感，稍有刺激就容易传递咳嗽信号，导致咳嗽频繁出现。
合并其他呼吸道问题
慢性支气管炎诱因： 长期吸烟是慢性支气管炎的重要诱因，戒烟后，原本已经存在炎症的呼吸道可能会有更明显的反应，咳嗽就是炎症刺激的一种表现。据统计，有长期吸烟史的人患慢性支气管炎的几率较高，戒烟后慢性支气管炎相关的咳嗽可能会加重。气道炎症消退过程： 吸烟造成呼吸道炎症，戒烟后炎症开始消退，在炎症消退的过程中，呼吸道黏膜会出现修复、代谢等变化，也会引发咳嗽。就像伤口愈合过程中可能会有瘙痒等反应一样，呼吸道炎症消退时也会有咳嗽等表现来清理和修复受损部位。