巧克力囊肿若采取根治性手术，将子宫双附件及所有异位病灶全部清除，通常不会复发；但若是进行保留生育功能的手术，仅切除异位症病灶而保留子宫和附件，则有一定复发几率。防止巧克力囊肿复发的方法主要包括：
一、尽早妊娠：术后三个月内怀孕，女性历经孕期和哺乳期会有一年左右不来月经，若有残留的异位内膜组织，在此期间会逐渐萎缩，从而能防止巧克力囊肿复发。
二、抑制月经的药物治疗：
1.醋酸甲羟孕酮片：通过抑制月经，使巧克力囊肿患者术后出现长时间闭经，残留的子宫内膜因长时间得不到激素支持而逐渐萎缩坏死，起到预防复发的作用。
2.达那唑胶囊：能抑制月经，让术后残留的子宫内膜逐渐发生变化，降低复发风险。
3.注射用醋酸亮丙瑞林：利用其抑制月经的功效，帮助预防巧克力囊肿复发。
三、避孕药物治疗：巧克力囊肿术后口服短效避孕药如屈螺酮炔雌醇片(Ⅱ)，不但可调理月经，还能抑制排卵，促使子宫内膜萎缩，减少子宫内膜异位症的复发可能。
此外，巧克力囊肿患者在日常生活中要注意调理，避免出现可能导致经血逆流的情况，如月经期不可同房等，同时要术后遵医嘱按时去医院复查。总之，对于巧克力囊肿，要了解其复发情况和相关预防措施，在生活中做好相应的注意事项和复查工作。