巧克力囊肿若进行根治性手术，将子宫双附件及所有异位病灶完全清除，通常不会复发；但若是实施保留生育功能的手术，仅切除异位症病灶而保留子宫和附件，则存在一定复发几率。巧克力囊肿防止复发的办法主要包括：尽早妊娠、抑制月经的药物治疗以及避孕药物治疗。
一、尽早妊娠：术后三个月内怀孕，经历孕期和哺乳期，女性会有约一年时间不来月经，若有残余的异位内膜组织，在此期间会逐渐萎缩，从而可防止巧克力囊肿复发。
二、抑制月经的药物治疗：
1.醋酸甲羟孕酮片：通过抑制月经，让巧克力囊肿患者术后出现长时间闭经，残留的子宫内膜因长时间得不到激素支持而逐渐萎缩坏死，起到预防复发的作用。
2.达那唑胶囊：利用其抑制月经的功效，促使术后残留的子宫内膜发生相应变化，以降低复发风险。
3.注射用醋酸亮丙瑞林：原理也是抑制月经，使术后子宫内膜出现有利于预防复发的状态。
三、避孕药物治疗：巧克力囊肿术后可口服短效避孕药避孕，如屈螺酮炔雌醇片(Ⅱ)，其不但能调理月经，还可抑制排卵，促使子宫内膜萎缩，降低子宫内膜异位症的复发几率。
此外，巧克力囊肿患者在日常生活中还需注意调理，避免可能导致经血逆流的情况，如月经期不可同房等，且术后要遵医嘱按时到医院复查。
总之，巧克力囊肿的复发情况与手术方式有关，而通过尽早妊娠、药物治疗等措施可有效预防复发，患者同时也要注意日常护理和遵医嘱复查。