巧克力囊肿若采取根治性手术，将子宫、双附件及所有异位病灶完全清除，通常不会复发；但要是进行保留生育功能的手术，仅切除异位症病灶而保留子宫和附件，则存在一定复发几率。巧克力囊肿预防复发的方法主要包括：
一、尽早妊娠：术后三个月内怀孕，历经孕期和哺乳期，女性约有一年时间不来月经，若有残留的异位内膜组织，在此期间会逐渐萎缩，可起到防止巧克力囊肿复发的作用。
二、抑制月经的药物治疗：
1.常用的药物有醋酸甲羟孕酮片、达那唑胶囊、注射用醋酸亮丙瑞林等。其原理是通过抑制月经，使巧克力囊肿患者术后出现长时间闭经，残留的子宫内膜因长时间得不到激素支持而逐渐萎缩坏死，从而达到预防复发的效果。
三、避孕药物治疗：巧克力囊肿术后可口服短效避孕药，如屈螺酮炔雌醇片(Ⅱ)，不但能调理月经，还可抑制排卵，促使子宫内膜萎缩，降低子宫内膜异位症的复发风险。
此外，巧克力囊肿患者在日常生活中要注意调理，避免出现可能导致经血逆流的情况，如在月经期不要同房等，且术后要遵医嘱按时到医院复查。
总之，对于巧克力囊肿，要根据具体手术情况了解复发可能性，并采取相应的预防复发措施，同时注重日常调理和术后复查。