软组织肉瘤的治疗主要以手术为主，早期患者通过完整切除肿瘤，约70%~80%有治愈机会。
手术治疗
局部广泛切除： 手术要完整切除肿瘤及其周围部分正常组织，这能最大程度清除肿瘤细胞。比如肢体部位的软组织肉瘤，需切除肿瘤所在部位较大范围的组织，但会尽量保留肢体功能。截肢手术： 当肿瘤恶性程度高、侵犯范围广，严重威胁生命且其他保肢手术无法实施时，可能会考虑截肢。不过现在随着技术进步，这种情况越来越少。
放疗
术前放疗： 可以缩小肿瘤体积，使一些原本不能手术切除的肿瘤变得可以手术切除，还能降低肿瘤细胞活性，减少术中扩散风险。一般会在手术前进行2~4周的放疗。术后放疗： 用于切除不彻底或有高危复发因素的患者。能杀灭残留的肿瘤细胞，降低局部复发率。比如肿瘤边缘有残留癌细胞，术后就需要进行放疗。
化疗
新辅助化疗： 在手术前使用化疗药物，可使肿瘤缩小，提高手术切除率，还能早期杀灭潜在的转移病灶。常用的化疗药物有异环磷酰胺、多柔比星等。辅助化疗： 术后使用化疗药物，能消灭体内可能存在的微小转移灶，降低远处转移的风险。对于一些中高危的软组织肉瘤患者，通常需要进行几个疗程的辅助化疗。比如恶性程度较高的平滑肌肉瘤，术后可能需要进行6~8个疗程的辅助化疗。
靶向治疗
针对特定靶点药物： 近年来针对一些软组织肉瘤的特定靶点有了相应的靶向药物。例如，对于有PDGFR-B基因融合的胃肠道间质瘤（属于软组织肉瘤的一种），可以使用伊马替尼等靶向药物。这类药物能特异性地作用于肿瘤细胞的靶点，抑制肿瘤细胞的生长和增殖，相对化疗来说，副作用可能相对较小，但也有一定的不良反应，如可能出现皮疹、腹泻等。