口腔溃疡的发生通常与多种因素有关，其中约20% - 30%的复发性口腔溃疡与遗传因素相关，若父母双方都有复发性口腔溃疡，子女发病风险会明显升高。
一、局部创伤因素
口腔内异物摩擦： 比如牙齿残根、残冠或者不合适的假牙等，长期刺激口腔黏膜，就容易引发口腔溃疡。例如有患者佩戴假牙不合适，持续摩擦口腔黏膜，一段时间后就出现了口腔溃疡。咬伤口腔黏膜： 吃饭时不小心咬伤口腔内侧黏膜，若没有及时处理，伤口就可能发展成口腔溃疡，这种情况在吃饭速度快或者注意力不集中的人群中较常见。
二、免疫系统因素
自身免疫反应异常： 当人体免疫系统出现紊乱时，会错误地攻击自身的口腔黏膜组织，从而导致口腔溃疡。比如患有白塞病的患者，除了口腔溃疡外，还可能伴有眼部病变、生殖器溃疡等症状，这就是免疫系统异常导致的多系统损害。免疫力低下： 当人体免疫力低下时，比如感冒、劳累过度后，口腔内的潜在病菌就容易活跃起来，引发口腔溃疡。像一些经常熬夜、作息不规律的人，就更容易出现口腔溃疡。
三、营养缺乏因素
维生素缺乏： 尤其是维生素B族（如B2、B6、B12等）和维生素C缺乏时，容易导致口腔溃疡。例如长期挑食、偏食的人，很可能会因为维生素摄入不足而引发口腔溃疡。研究发现，缺乏维生素B2的人群患口腔溃疡的概率比正常人群要高。微量元素缺乏： 如锌、铁等微量元素缺乏也与口腔溃疡有关。锌参与人体多种酶的合成和代谢，缺乏锌会影响细胞的正常分裂和修复，从而增加口腔溃疡的发生风险。