总口腔溃疡的原因有多种。一般来说，复发性阿弗他溃疡在人群中的患病率约为20%左右，其发生可能与以下因素相关。
局部创伤因素
牙齿残根残冠： 如果口腔内有尖锐的牙齿残根或者残冠，长期摩擦口腔黏膜，就容易引发口腔溃疡。比如有一颗牙齿因蛀牙被拔掉后，残留的尖锐牙根边缘可能会不断刺激邻近的黏膜组织，持续1 - 2周甚至更久都不愈合，形成口腔溃疡。不良咬合习惯： 有些人咬合关系不正常，比如单侧咀嚼等不良习惯，会导致口腔黏膜受到异常的压力和摩擦，从而引发口腔溃疡。例如长期只用一侧牙齿吃饭，这一侧的口腔黏膜经常受到过度摩擦，就容易出现溃疡。
全身因素影响
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素B2、维生素B6、维生素B12以及叶酸等维生素时，容易出现口腔溃疡。比如长期挑食、节食的人，很可能在1 - 2个月内就会因为维生素摄入不足而引发口腔溃疡，表现为口腔内多个部位出现圆形或椭圆形的溃疡，伴有疼痛。免疫系统异常： 自身免疫性疾病患者，如白塞病患者，免疫系统紊乱会频繁出现口腔溃疡。这类患者的口腔溃疡往往反复发作，持续时间较长，可能每月都有发作，而且还可能伴有眼部、生殖器等部位的病变。
其他因素
精神因素： 长期精神紧张、焦虑、压力大的人，也容易长口腔溃疡。比如备考的学生，在考试前1 - 2周可能因为精神高度紧张，出现口腔溃疡，而且溃疡可能比较疼痛，影响进食。内分泌变化： 女性在月经前后，体内激素水平发生变化，也容易长口腔溃疡。一般在月经前1周左右开始出现，月经来潮后逐渐缓解，溃疡数量可能1 - 2个，也可能多个，疼痛程度因人而异。