畸胎瘤的病因目前尚未完全明确，一般认为与以下因素有关。首先是生殖细胞异常分化，在胚胎发育过程中，部分具有多向分化潜能的生殖细胞迷离异位，这些细胞在异常部位增殖分化，就可能形成畸胎瘤。比如在卵巢、睾丸等部位都可能发生。
遗传因素相关情况
部分遗传性综合征关联：某些遗传性综合征可能增加患畸胎瘤的风险。例如，皮-杰综合征（Peutz-Jeghers syndrome）患者发生卵巢畸胎瘤的几率相对较高，但这种情况相对较少见。家族聚集性倾向：虽然不是普遍现象，但有研究发现，在一些家族中，畸胎瘤的发病可能存在一定的家族聚集性，不过具体的遗传机制还需要进一步深入研究来明确。
胚胎发育时期因素
原始生殖细胞异位：在胚胎发育早期，原始生殖细胞的迁移过程出现异常，导致原始生殖细胞停留在身体的某些部位，如卵巢、睾丸、骶尾部等，这些异位的原始生殖细胞在特定条件下就有可能分化形成畸胎瘤。比如骶尾部就是常见的畸胎瘤好发部位之一，就是因为原始生殖细胞在胚胎发育时异位到了此处。胚胎期组织分化紊乱：在胚胎发育的关键时期，由于受到一些未知因素的影响，导致组织分化出现紊乱，使得具有不同分化潜能的细胞混合在一起，逐渐增殖形成畸胎瘤。这种组织分化紊乱的具体诱因目前还不十分清楚，但可能与胚胎发育早期的一些环境因素、基因表达异常等有关。
其他可能因素
内分泌因素：内分泌失调可能对畸胎瘤的发生有一定影响。例如，雌激素水平的异常变化，可能会影响生殖细胞的正常分化和发育，从而增加畸胎瘤的发病风险。不过目前关于内分泌因素与畸胎瘤的具体关联机制还需要更多的研究来证实。环境因素：虽然环境因素不是导致畸胎瘤的主要原因，但一些不良的环境因素可能会对胚胎发育产生干扰。比如母亲在孕期接触某些化学物质、辐射等，可能会增加胎儿患畸胎瘤的风险，但这类因素导致畸胎瘤的具体作用途径和机制还需要进一步探究。