卵巢囊肿的治疗需根据囊肿的性质、大小等情况来定。一般来说，直径小于5厘米且无明显症状的生理性囊肿，有可能自行消失，可不做特殊处理，定期（通常3~6个月）复查B超观察变化就行。
生理性囊肿的观察处理
小尺寸生理性囊肿： 像滤泡囊肿和黄体囊肿比较常见，多数直径小于5厘米，很多会在月经周期变化中自然消退。这时候主要就是定期复查超声，关注囊肿大小变化。比如在月经干净后再去复查B超，看囊肿是否缩小或消失。持续观察要点： 如果复查发现囊肿持续存在或有增大趋势，就要进一步评估。
病理性囊肿的处理方式
手术治疗情况： 当囊肿直径大于5厘米，或者怀疑是病理性囊肿（如巧克力囊肿、囊腺瘤等）时，多需要手术干预。手术方式有腹腔镜手术和开腹手术等。腹腔镜手术创伤小，恢复快，一般术后住院3~7天左右就能出院。不同病理性囊肿特点： 巧克力囊肿与子宫内膜异位有关，囊腺瘤有一定恶变可能，这些都需要通过手术切除并做病理检查来明确性质。
药物辅助治疗情况
辅助药物应用： 对于一些炎症性的卵巢囊肿，可能会使用抗炎药物辅助治疗。但药物治疗一般作为手术前后的辅助手段，不能单纯依靠药物消除较大的囊肿。比如盆腔炎性包块形成的卵巢囊肿，可在医生指导下短期使用抗生素类药物辅助控制炎症，但最终可能还是需要手术处理囊肿。药物使用限制： 药物治疗不能替代手术治疗解决较大或有恶变倾向的囊肿问题。