卵巢囊肿的治疗需根据囊肿性质、大小等因素来定。一般来说，直径小于5厘米的生理性囊肿，有一定概率自行消失，可先观察3~6个月，定期复查B超。
生理性囊肿的观察处理
小囊肿定期复查： 对于直径在3~5厘米左右的生理性卵巢囊肿，比如滤泡囊肿或黄体囊肿，通常建议每3个月复查一次超声，观察囊肿变化。如果在观察期间囊肿持续存在或有增大趋势，可能需要进一步处理。观察中的注意事项： 在观察期间，如果出现下腹部突然剧痛等情况，要及时就医，警惕囊肿扭转等急腹症的发生。
病理性囊肿的手术治疗
囊肿较大需手术： 当卵巢囊肿直径大于5厘米，或者考虑为病理性囊肿（如巧克力囊肿、浆液性囊腺瘤等）时，多需要手术治疗。手术方式有腹腔镜手术和开腹手术等，腹腔镜手术创伤小，恢复快，一般术后住院3~7天左右。不同病情手术选择： 如果是年轻有生育需求的患者，会尽量保留卵巢功能，采取囊肿剥除术；对于年龄较大、无生育需求且囊肿为恶性倾向的患者，可能会行患侧附件切除术等。
药物辅助治疗情况
盆腔炎性囊肿用药： 如果卵巢囊肿是由盆腔炎性疾病引起的炎性囊肿，可在医生指导下使用抗生素治疗，一般需要使用抗生素1~2周左右，同时可配合中药灌肠等辅助治疗来促进炎症吸收，缩小囊肿。激素相关囊肿用药： 对于一些因激素水平异常引起的卵巢囊肿，如多囊卵巢综合征患者伴发的卵巢囊肿，可能会使用短效避孕药等调节激素水平的药物，但药物治疗效果因人而异，一般需要长期规范用药来控制病情。