根治扁平疣的最好方法主要包括以下几种：
1.物理治疗：
液氮冷冻：通过低温作用于疣体，使疣体坏死、脱落。一般适用于扁平疣数量较少、疣体较小的患者。
激光治疗：利用激光的高温作用，碳化疣体，达到治疗目的。适用于扁平疣数量较少、疣体较大的患者。
电灼治疗：通过电流产生的高温使疣体炭化、脱落。该方法适用于扁平疣数量较少、疣体较大的患者。
2.药物治疗：
外用药物：包括维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等。这些药物可以促进疣体的脱落。
口服药物：对于疣体较多或病情较严重的患者，可口服抗病毒药物，如利巴韦林、阿昔洛韦等。
3.免疫调节剂：
卡介菌多糖核酸：可调节机体免疫功能，适用于扁平疣患者。
胸腺肽：可增强机体免疫力，对扁平疣的治疗有一定帮助。
4.中医治疗：
中药外洗：使用板蓝根、马齿苋、薏苡仁等中药煎水外洗，具有清热解毒、软坚散结的作用。
针灸：通过针刺疣体周围的穴位，调节气血、平衡阴阳，达到治疗目的。
5.注意事项：
避免搔抓：扁平疣具有传染性，搔抓可导致疣体扩散，增加治疗难度。
注意个人卫生：保持皮肤清洁，避免与他人共用毛巾、脸盆等物品。
饮食调理：多吃新鲜蔬菜、水果，避免辛辣、油腻食物。
定期复查：治疗后要定期到医院复查，观察疣体是否复发。
需要注意的是，扁平疣的治疗方法应根据患者的具体情况选择，如疣体的数量、大小、分布部位以及患者的年龄、免疫状态等。在治疗过程中，患者应遵医嘱用药，注意个人卫生，避免搔抓，保持良好的生活习惯。如果扁平疣治疗不当或不及时，可能会导致病情加重，甚至留下疤痕。因此，建议患者及时就医，在医生的指导下进行治疗。