食管反流通常是多种因素共同作用引起的。比如下食管括约肌结构或功能异常，正常情况下下食管括约肌能防止胃内容物反流到食管，当它压力降低等出现问题时，就容易引发反流。一般来说，约有10% - 20%的人群可能会受到食管反流的困扰。
下食管括约肌相关因素
结构异常： 食管裂孔疝是常见导致下食管括约肌结构异常的情况，当腹腔内脏器通过扩大的食管裂孔进入胸腔，会影响下食管括约肌功能，从而引发食管反流。功能异常： 一些因素会使下食管括约肌压力降低，比如进食过多过饱，尤其是吃了高脂肪、巧克力、咖啡等食物后，容易导致下食管括约肌松弛，增加反流风险。
食管清除作用相关因素
食管蠕动异常： 正常情况下食管蠕动能将反流物清除，若食管蠕动出现障碍，比如某些疾病影响食管神经肌肉功能，就会使食管清除反流物的能力下降，导致反流物在食管内停留时间延长，加重食管反流。例如患有硬皮病等结缔组织病时，可能会影响食管蠕动功能。唾液分泌减少： 唾液可以帮助中和胃酸、清除反流物，如果唾液分泌减少，像老年人因身体机能衰退唾液分泌减少，或者服用某些药物（如抗胆碱能药物等）导致唾液分泌减少，也会使食管清除反流物的能力减弱，增加食管反流发生的几率。
胃排空因素
胃排空延迟： 胃内食物排空速度减慢，会使胃内压力升高，当胃内压力高于下食管括约肌压力时，就容易导致胃内容物反流至食管。比如患有糖尿病的患者，由于自主神经病变等原因，常出现胃排空延迟的情况，进而增加食管反流的发生风险。