小儿长不高的原因有多种。一般来说，遗传因素是重要原因之一，如果父母身高较矮，孩子遗传矮身材的概率会增加，据统计，约70% - 80%的身高变异由遗传决定。
营养因素：
营养摄入不足： 儿童处于生长发育阶段，需要充足的蛋白质、钙、维生素等营养物质。比如蛋白质是身体细胞的重要组成部分，若长期摄入不足，会影响骨骼等组织的生长。像3岁以下幼儿，如果饮食中奶类、肉类、蛋类等优质蛋白食物摄取不够，就可能影响长高。营养不均衡： 除了量的问题，营养成分的均衡也很关键。如果孩子只爱吃甜食、油炸食品，而蔬菜、水果、奶制品摄入少，会导致钙、维生素D等缺乏。钙是骨骼发育的重要元素，维生素D能促进钙的吸收，长期缺乏会阻碍骨骼生长。
疾病因素：
内分泌疾病： 常见的有生长激素缺乏症，是由于垂体分泌生长激素不足引起的。患儿身高增长缓慢，每年身高增长低于5厘米。还有甲状腺功能减退症，甲状腺激素分泌不足会影响机体的新陈代谢和生长发育，导致小儿生长迟缓，智力也可能受影响。慢性疾病： 如先天性心脏病、慢性肾病等。患有先天性心脏病的小儿，由于心脏功能受限，身体长期处于缺氧状态，会影响生长发育；慢性肾病患儿，肾脏功能受损，会影响体内激素调节和营养物质的代谢，从而阻碍长高。
睡眠因素：
睡眠不足： 生长激素在睡眠时分泌旺盛，尤其是深睡眠阶段。幼儿每天需要保证12 - 14小时的睡眠时间，学龄儿童需要9 - 12小时。如果孩子经常熬夜，睡眠不足，就会影响生长激素的分泌，进而影响身高增长。比如有的孩子晚上玩手机、看电视，导致睡眠时间缩短，长期下去就可能出现长不高的情况。睡眠质量差： 睡眠环境不佳、经常做噩梦等都会影响睡眠质量。睡眠质量差会使生长激素分泌不充分，同样不利于孩子长高。例如卧室环境嘈杂、光线太亮等，都会干扰孩子的睡眠，影响身高发育。