小孩长不高的原因有多种。一般来说，遗传因素占很大比重，如果父母身高偏矮，小孩遗传矮身高的概率相对较高，据统计，约70%的身高差异由遗传决定。
营养因素：
饮食不均衡： 如果小孩长期挑食、偏食，就容易导致营养摄入不足。比如缺乏蛋白质，蛋白质是身体生长的重要物质基础，长期缺乏会影响身高增长；再如缺乏钙元素，钙是骨骼发育的关键成分，儿童每日需要摄入足够的钙来保证骨骼正常生长，一般1 - 18岁儿童每天钙的推荐摄入量在800 - 1200毫克，如果摄入不足，就可能影响长高。热量摄入不当： 过度肥胖的小孩也可能存在长高问题，因为肥胖可能会导致内分泌紊乱，影响生长激素的分泌等，而过度节食导致热量摄入过少同样会影响生长发育所需的能量供应，进而影响身高增长。
疾病因素：
内分泌疾病： 生长激素缺乏症是比较常见的导致小孩长不高的内分泌疾病。生长激素由脑垂体分泌，对骨骼生长、蛋白质合成等有重要作用，如果脑垂体分泌生长激素不足，就会严重影响身高，患病儿童身高增长缓慢，每年身高增长通常低于4厘米。甲状腺功能减退也是一个因素，甲状腺激素能促进机体生长发育，尤其是骨骼和神经系统的发育，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会导致小孩生长迟缓，智力也可能受到影响。慢性疾病： 像先天性心脏病、慢性肾病等慢性疾病也会影响小孩身高。例如慢性肾病患儿，由于肾功能受损，会影响体内多种代谢，导致生长发育迟缓，因为肾脏功能异常可能会影响营养物质的吸收、激素的代谢等，进而阻碍身高增长。
睡眠因素：
睡眠不足： 儿童的生长激素在睡眠时分泌旺盛，特别是深度睡眠时分泌量最多。如果小孩长期睡眠不足，比如学龄前儿童每天需要睡眠11 - 13小时，小学生需要9 - 11小时，中学生需要8 - 10小时，若达不到这个睡眠时间，就会影响生长激素的分泌，从而影响身高增长。例如长期熬夜的小孩，生长激素分泌受到抑制，身高增长可能会比睡眠充足的小孩缓慢。