要确诊是不是脑炎，通常需要结合多种检查手段。首先，医生会先通过临床表现初步判断，比如脑炎患者可能有发热、头痛、呕吐、意识障碍等症状。然后会进行实验室检查，像腰椎穿刺脑脊液检查是很重要的，通过检查脑脊液的压力、细胞数、蛋白含量、糖和氯化物水平等，一般在脑炎患者的脑脊液中可能会有细胞数增多等异常情况。另外，还会做影像学检查，比如头颅CT或MRI，能帮助排除其他脑部病变，有时候脑炎患者的头颅影像学可能会有一些异常表现。
脑脊液检查方面
脑脊液压力： 正常脑脊液压力一般在80~180mmH₂O，脑炎患者脑脊液压力可能会升高。细胞数： 病毒性脑炎时，脑脊液中白细胞数多在（10~500）×10⁶/L，早期以中性粒细胞为主，后期以淋巴细胞为主；细菌性脑炎时，白细胞数常明显升高，可高达1000×10⁶/L以上，多以中性粒细胞增多为主。
影像学检查方面
头颅CT： 在脑炎早期可能没有明显异常，随着病情发展，可能会出现脑实质内片状低密度影等改变，但CT对早期脑炎的敏感性相对不如MRI。头颅MRI： 能更清晰地显示脑部病变，脑炎患者头颅MRI可能会发现脑实质内异常信号，如T2加权像和Flair像上可见高信号病灶等，对于发现脑炎的病灶更敏感。
其他辅助检查方面
血常规： 病毒性脑炎患者血常规中白细胞计数可正常或降低，淋巴细胞比例升高；细菌性脑炎患者血常规中白细胞计数常升高，中性粒细胞比例增高。病原学检查： 还可以通过脑脊液的病毒学检查、细菌培养等找到致病病原体，比如通过PCR技术检测脑脊液中的病毒核酸来明确是否为病毒性脑炎及具体的病毒类型等，这对于确诊脑炎的病因很关键。