肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染所致。
肛腺感染引发
肛腺位于肛管直肠周围，开口于肛窦。肛窦易受粪便损伤而感染，进而蔓延至肛腺。肛腺感染后炎症会向周围组织扩散，从而引发肛周脓肿。比如，当肛窦被粪便中的异物划伤后，细菌就容易侵入肛腺，导致肛腺发炎，炎症逐渐扩散，就可能形成肛周脓肿。
身体免疫力低下导致
长期患病人群：像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体免疫力会下降，容易受到细菌感染，发生肛周脓肿的风险比正常人高。据统计，糖尿病患者并发肛周脓肿的概率比非糖尿病患者高2 - 5倍。长期熬夜人群：长期熬夜会使身体的免疫系统功能紊乱，免疫力降低，也容易让细菌有可乘之机，增加肛周脓肿的发病几率。
肛门局部损伤引发
外伤因素：肛门部位受到外力撞击、异物插入等外伤时，容易导致肛门周围组织受损，细菌趁机侵入受损部位引发感染，进而形成肛周脓肿。例如，肛门部位被尖锐的异物刺伤后，就可能引发肛周感染并发展为肛周脓肿。医源性损伤：在一些肛门直肠部位的医疗操作中，如肠镜检查时，如果操作不当，可能会损伤肛门周围组织，也有可能引起感染导致肛周脓肿。不过这种医源性损伤导致的肛周脓肿相对较少见，但也是需要注意的一个方面。