肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿与肛腺阻塞感染有关。
肛腺感染引发
肛腺位置与结构： 肛腺位于直肠肛管周围，开口于肛窦。肛窦容易存留粪便，当粪便进入肛窦后，就可能导致肛腺感染。一旦肛腺感染，炎症会向周围蔓延，从而引发肛周脓肿。比如，长期大便干结的人，排便时容易擦伤肛窦，增加肛腺感染的风险。细菌感染因素： 常见的引起肛腺感染的细菌有大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等。这些细菌在肛窦处繁殖，进而感染肛腺，引发炎症反应，逐步形成肛周脓肿。
肛门局部损伤导致
外伤因素： 肛门部位受到外伤，如异物刺伤、肛门指检时操作不当等，都可能使细菌侵入肛门周围组织，引发感染形成脓肿。例如，不小心被尖锐物体刺伤肛门周围皮肤，细菌就可能顺着伤口进入组织，引起感染。医源性损伤： 在一些肛门直肠部位的医疗操作中，如肠镜检查时，如果操作不规范，也可能损伤肛门周围组织，导致感染引发肛周脓肿。
全身抵抗力下降相关
营养不良人群： 长期营养不良的人，身体抵抗力较弱，容易受到细菌感染。比如一些贫困地区长期以单一食物为主的人群，缺乏蛋白质、维生素等营养物质，机体免疫力低下，更容易患上肛周脓肿。患有基础疾病者： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体的抗感染能力下降，容易发生肛周感染，进而引发肛周脓肿。据统计，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人要高很多。