阴茎上长小肉粒的可能原因主要有：珍珠状阴茎丘疹、尖锐湿疣、鲍恩样丘疹病、一期梅毒。
一、珍珠状阴茎丘疹：多分布在男性龟头冠状沟边缘，表现为细小圆形、排列成单行或多行的白色或淡红色小丘疹，彼此不融合，也没有自觉症状。此病症发病率较高且可伴随终生，通常无需特殊治疗，也不必过于惊慌。
二、尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒感染引起，在性活跃人群中较为常见。起初为单个或多个出现在龟头、冠状沟、包皮等处的乳头状、菜花状、鸡冠状小疣。之后疣体可能会增大或出现表面糜烂渗液等变化。治疗上主要以局部去除疣体为主，包括激光、冷冻、电灼烧等物理手段；外用药物可选择5-氟尿嘧啶乳膏、鬼臼毒素酊等细胞毒药物；抗病毒治疗可选用干扰素。
三、鲍恩样丘疹病：由人乳头瘤病毒感染导致生殖器部位上皮细胞异常增生。可发生于任何年龄，好发于男性阴茎、龟头等处。典型皮损表现为扁平褐色或褐黑色丘疹，直径从数毫米至数厘米不等，可以单发或多发，呈散在分布或群集性分布，或排列成线状或环状，一般无自觉症状。主要的治疗方法为电灼烧、冷冻等以去除皮损。
四、一期梅毒：主要症状包括硬下疳和硬化性淋巴结炎。梅毒螺旋体从皮肤黏膜破损处进入机体，约经2-4周后在入侵部位形成硬下疳，常发生在外生殖器。硬下疳开始为小的斑疹，逐渐增大形成直径0.5-1厘米大小的丘疹，接着发展为无痛性糜烂或溃疡，历经3-8周可痊愈。一期梅毒需要彻底治愈，否则会进展至二期、三期梅毒。主要治疗方法为肌肉注射青霉素。
总结概况提示：阴茎上出现小肉粒的原因较多且各不相同，需要准确鉴别诊断，并根据具体病症选择合适的治疗方法。如果发现相关症状，应及时就医检查和治疗。