关键点：甲状腺功能亢进症眼睛不舒服的原因包括用眼过度、药物副作用、突眼症；相应的处理方法分别为使用眼药水、停止用药并就医、使用特定药物治疗。
一、用眼过度
患者若长时间过度用眼，可能导致眼睑部位肿胀、眼睛不舒服以及球结膜水肿等症状。此时可在医生指导下使用眼药水来缓解，比如左氧氟沙星滴眼液具有抗菌作用，可减轻眼部炎症；环丙沙星滴眼液也能有效缓解眼部不适。
二、药物副作用
甲状腺功能亢进症患者需长期服药以抑制甲状腺合成甲状腺激素来治疗甲亢，但有些患者可能对药物产生过敏反应，如出现眼睛模糊、皮肤过敏、视力模糊等症状。这时应立即停止服用药物，并且必要时需尽快到医院就诊。
三、突眼症
甲状腺功能亢进症可能因生活压力大、情绪暴躁等引起，进而出现眼睛突出的症状。可在医生指导下使用丙硫氧嘧啶片、甲巯咪唑片等药物进行治疗。
总结：甲状腺功能亢进症患者眼睛不舒服的原因多样，需根据具体情况采取相应措施。用眼过度可使用眼药水，药物副作用则要及时停药就医，突眼症可通过特定药物治疗。患者应关注自身状况，配合医生进行合理的处置。