龟头炎的治疗药物需根据不同病因选择，一般细菌感染引起的龟头炎可选用抗生素类药物，如莫匹罗星软膏等，通常需要连续使用几天到一周左右来控制炎症。
细菌感染性龟头炎用药
莫匹罗星软膏： 属于外用抗生素，能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌作用，适用于革兰阳性球菌引起的龟头炎。一般每天涂抹2 - 3次，连续使用一段时间。夫西地酸乳膏： 对引起龟头炎的常见细菌有良好的抗菌活性，可局部涂抹在患处，一天使用数次。
真菌感染性龟头炎用药
克霉唑乳膏： 是抗真菌药物，通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥作用，用于治疗念珠菌等真菌感染引起的龟头炎。通常需要坚持涂抹几周时间。酮康唑乳膏： 同样针对真菌感染，能抑制真菌麦角固醇的合成，达到抗真菌效果，涂抹频率一般为一天1 - 2次。
滴虫感染性龟头炎用药
甲硝唑： 如果是滴虫感染导致的龟头炎，可考虑使用甲硝唑。它能干扰滴虫的氧化还原反应，起到杀灭滴虫的作用。但要注意孕妇及哺乳期妇女的用药谨慎性。替硝唑： 也是抗厌氧菌与滴虫的药物，对于滴虫性龟头炎有一定的治疗作用，使用时需遵循医嘱。
非感染性龟头炎用药
糖皮质激素类药物： 像氢化可的松软膏等，对于一些因过敏等非感染因素引起的龟头炎有抗炎、抗过敏的作用，但不能长期大量使用，以免引起不良反应。使用时要注意涂抹的部位和剂量。他克莫司软膏： 适用于一些特殊情况的非感染性龟头炎，具有免疫调节作用，能减轻炎症反应，但使用过程中也需密切观察皮肤反应。