扁桃体是人体免疫系统的一部分，在儿童时期它的免疫功能比较活跃。一般来说，扁桃体具有防御病原体入侵的作用。
抵御病菌入侵方面
防御细菌入侵： 扁桃体表面有许多凹陷，称为扁桃体隐窝，这里是细菌容易聚集的地方。当外界的细菌，比如链球菌等试图进入人体时，扁桃体就会首当其冲，通过产生免疫球蛋白等物质来抵御这些细菌的侵害。例如，在儿童时期，当呼吸道受到链球菌感染威胁时，扁桃体就会启动免疫反应，试图将病菌阻挡在外。抵御病毒入侵： 对于病毒，扁桃体中的淋巴细胞等免疫细胞可以识别病毒，然后发动免疫攻击。像常见的感冒病毒，当它通过呼吸道到达咽部时，扁桃体就会参与到对抗病毒的过程中，通过产生干扰素等物质来抑制病毒的复制和传播。
参与免疫反应过程
产生免疫球蛋白： 扁桃体能够产生免疫球蛋白A（IgA）等抗体。IgA可以分布在黏膜表面，形成一道免疫屏障，尤其是在呼吸道和消化道的黏膜表面。当病原体接触到这些黏膜时，IgA就会发挥作用，阻止病原体黏附在黏膜上皮细胞上，从而防止感染的进一步扩散。激活淋巴细胞： 扁桃体中的T淋巴细胞和B淋巴细胞在受到病原体刺激后会被激活。B淋巴细胞被激活后会分化为浆细胞，浆细胞产生抗体来对抗病原体；T淋巴细胞则会发挥细胞免疫的作用，直接攻击被病原体感染的细胞等。
对儿童免疫的特殊意义
儿童时期的重要免疫器官： 在儿童1 - 3岁这个阶段，扁桃体的免疫功能相对更为活跃。这是因为儿童的免疫系统还在发育过程中，扁桃体就承担了重要的免疫防御任务。随着年龄增长，扁桃体的体积会逐渐缩小，免疫功能也会相对减弱，但在儿童时期它是抵御外界病菌的重要防线之一。例如，在儿童上呼吸道感染的发病率相对较高的时期，扁桃体就积极参与到对抗病菌的过程中，帮助儿童维持身体健康。