生化流产是指精卵结合后，没有成功在子宫着床的妊娠，其发生原因较多。一般来说，大约50% - 60%的生化流产与胚胎自身染色体异常有关，这是自然淘汰的一种表现。
胚胎因素：染色体异常主导
染色体数目异常： 常见的有单体型、多倍体等。比如21 - 三体综合征相关的胚胎，就很容易发生生化流产。正常人体细胞染色体是23对，而染色体数目异常的胚胎，无法正常发育着床。染色体结构异常： 像染色体缺失、易位等情况，也会影响胚胎在子宫内的着床。这种染色体结构的改变会破坏胚胎正常发育所需的基因序列平衡，导致生化流产发生。
母体因素：多种情况影响
内分泌失调： 黄体功能不全是常见原因之一。女性黄体期分泌的孕酮不足，就无法为受精卵着床提供良好的子宫内膜环境。一般来说，孕酮水平低于一定数值时，就容易出现生化流产。例如，孕酮水平低于15ng/ml时，生化流产风险会明显增加。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能亢进或减退都会干扰激素平衡，影响胚胎着床。子宫因素： 子宫畸形会阻碍着床，比如纵隔子宫，宫腔内的纵隔会占据正常宫腔空间，使受精卵难以找到合适位置着床。子宫内膜息肉也可能导致生化流产，息肉会影响子宫内膜的容受性，就像在肥沃土地上有了障碍物，影响种子（受精卵）生根发芽。
免疫因素：自身免疫干扰
自身免疫抗体异常： 抗磷脂抗体综合征就是典型情况，体内存在的抗磷脂抗体可引起血管内皮损伤，影响子宫胎盘循环，使得胚胎得不到充足的血液供应，从而导致生化流产。还有抗核抗体阳性等情况，也会通过免疫机制干扰胚胎着床。自然杀伤细胞异常： 若自然杀伤细胞数量过多或活性过强，会对胚胎产生攻击作用，破坏胚胎着床的微环境，引发生化流产。
其他因素：外部环境影响
生活方式： 长期吸烟、酗酒的女性，生化流产几率会增加。烟草中的尼古丁等成分以及酒精都会影响生殖系统功能，干扰胚胎着床过程。另外，过度肥胖或过度消瘦也可能导致生化流产，体重指数（BMI）过高或过低都会影响内分泌和子宫内环境，不利于受精卵着床。外界污染： 长期接触有毒有害物质，如苯、甲醛等化学物质，会对生殖细胞产生不良影响，增加生化流产的发生风险。