生化流产的原因较多，其中胚胎因素是常见原因之一，大约50% - 60%的生化流产是因为胚胎染色体异常导致的，比如染色体数目异常（多一条或少一条染色体等）或者结构异常。
母体因素：
内分泌异常： 女性体内的激素水平对维持妊娠至关重要。例如，黄体功能不全是比较常见的情况，黄体分泌的孕酮不足，就无法为胚胎着床和发育提供良好的子宫内膜环境，从而容易引发生化流产。一般来说，黄体期孕酮水平低于正常范围，就可能增加生化流产风险。另外，甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退会使机体代谢减缓，影响胚胎的正常发育；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也可能干扰妊娠过程，导致生化流产。免疫因素： 自身免疫性疾病可能参与其中，比如系统性红斑狼疮等，体内的自身抗体可能攻击胚胎，破坏妊娠。还有同种免疫异常，母体对胚胎的免疫耐受不足，免疫系统将胚胎当作外来物进行攻击，也会导致生化流产。
子宫因素：
子宫解剖结构异常： 像子宫畸形，如纵隔子宫、双角子宫等，子宫的形态异常会影响胚胎的着床和发育空间。还有子宫内膜息肉，它会占据宫腔内的位置，干扰胚胎着床；子宫内膜粘连也会影响子宫内膜的容受性，使得胚胎难以着床成功，进而引发生化流产。子宫内膜病变： 子宫内膜炎会影响子宫内膜的状态，炎症环境不利于胚胎着床。另外，子宫内膜厚度不合适也有问题，如果子宫内膜过薄，小于8mm，胚胎着床就比较困难；而子宫内膜过厚，超过14mm等情况，也可能影响胚胎着床，增加生化流产的几率。
环境因素：
化学物质接触： 女性如果长期接触一些有害的化学物质，比如苯、甲醛等，这些化学物质可能会损害生殖细胞，影响胚胎的质量，从而导致生化流产。还有长期处于高辐射环境中，辐射会引起染色体突变等问题，增加生化流产发生的可能性。不良生活习惯： 长期吸烟的女性，烟草中的尼古丁等成分会影响血管收缩，影响子宫胎盘的血液循环，不利于胚胎的营养供应；过量饮酒的话，酒精会对胚胎发育产生毒性作用，干扰胚胎的正常生长发育过程，增加生化流产的风险。