生化流产是指精卵结合后，没有成功在子宫着床的妊娠。导致生化流产的原因有多种，比如胚胎因素，大约50% - 60%的生化流产是因为胚胎染色体异常，这是自然淘汰的过程；还有母体因素，像内分泌失调就是常见的一种，比如女性黄体功能不全，会影响孕激素的分泌，使得子宫内膜不利于受精卵着床，从而增加生化流产的几率；另外，子宫因素也可能导致生化流产，比如子宫畸形，如纵隔子宫等，会影响宫腔内环境，阻碍受精卵着床。
胚胎因素方面
染色体异常情况： 胚胎染色体异常是导致生化流产的重要原因之一。这种异常可能是父母遗传来的染色体问题，也可能是在胚胎发育过程中受到各种因素影响而发生突变导致的。例如，父母双方如果有一方染色体存在平衡易位等异常情况，就有可能遗传给胚胎，使得胚胎染色体异常，进而引发生化流产。胚胎质量问题： 除了染色体异常，胚胎自身的质量问题也可能导致生化流产。比如胚胎发育过程中出现结构异常等情况，即使精卵结合了，但胚胎本身无法正常发育着床，最终发生生化流产。
母体因素方面
内分泌失调之黄体功能不全： 女性黄体功能不全时，黄体分泌的孕激素不足。孕激素对于维持子宫内膜的容受性非常重要，它能使子宫内膜增厚，为受精卵着床创造良好的条件。当黄体功能不全时，子宫内膜不能很好地转化，就不利于受精卵着床，从而容易引发生化流产。一般通过检查孕激素水平等可以发现黄体功能不全的情况。内分泌失调之甲状腺功能异常： 甲状腺功能异常也会影响生化妊娠。如果女性甲状腺功能减退，体内甲状腺激素水平降低，会影响身体的代谢等多种功能，进而影响生殖系统的正常功能，导致受精卵着床困难，增加生化流产的风险；而甲状腺功能亢进时，也可能会对妊娠产生不良影响，增加生化流产的可能性。
子宫因素方面
子宫畸形情况： 像纵隔子宫就是常见的子宫畸形类型。纵隔子宫会使宫腔内的形态发生改变，宫腔内的空间被纵隔分隔，这就会影响受精卵的着床位置和着床环境，使得受精卵不容易在子宫内正常着床，从而引发生化流产。通过子宫输卵管造影等检查可以发现子宫畸形的情况。子宫内膜病变影响： 子宫内膜息肉、子宫内膜炎等病变也会影响生化妊娠。子宫内膜息肉会占据宫腔内的空间，改变子宫内膜的容受性；子宫内膜炎会导致子宫内膜出现炎症反应，影响子宫内膜的正常功能，不利于受精卵着床，增加生化流产的几率。