川崎病的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与多种因素相关。目前认为川崎病可能是在遗传易感性基础上，由感染等因素触发机体的异常免疫反应所导致。
感染因素相关
病毒感染： 有研究提示，多种病毒可能与川崎病的发生有关，比如逆转录病毒、EB病毒等。不过具体是如何通过病毒感染引发川崎病的机制还在进一步探索中，目前发现病毒感染后可能会影响机体的免疫调节，从而诱导血管炎症反应的发生。细菌感染： 部分研究推测，像链球菌等细菌感染也可能参与川崎病的发病过程。但细菌感染并不是直接导致川崎病的唯一原因，而是在特定的遗传背景和机体免疫状态下，与其他因素共同作用引发疾病。
免疫因素相关
异常免疫反应： 川崎病患者体内会出现多种免疫细胞和细胞因子的异常变化。例如，T淋巴细胞亚群失衡，辅助性T细胞1（Th1）和辅助性T细胞2（Th2）的平衡被打破，Th1细胞因子分泌增多，引发过度的炎症反应。同时，体内会产生大量的炎症介质，如白细胞介素 - 1、白细胞介素 - 6等，这些炎症介质会促使血管内皮细胞活化，导致血管炎症，进而出现川崎病的一系列临床表现，如发热、皮疹、血管炎等。
遗传因素相关
遗传易感性： 川崎病具有一定的遗传倾向。研究发现，某些基因的多态性与川崎病的发病风险相关。比如人类白细胞抗原（HLA）基因区域的某些等位基因，携带这些基因的个体可能更容易在感染等因素刺激下发生川崎病。不同种族人群中川崎病的发病率有所差异，也从侧面反映了遗传因素在其中起到的作用，但具体的遗传机制还需要更深入的研究来阐明。