川崎病的病因目前尚未完全明确，但普遍认为与感染因素、免疫因素以及遗传因素等有关。
感染因素相关
病毒感染：多种病毒可能与川崎病的发病有关，比如逆转录病毒、EB病毒等。有研究发现部分川崎病患儿发病前有病毒感染的迹象，病毒感染后可能会引发机体的免疫反应异常，从而增加患川崎病的风险。细菌感染：某些细菌感染也可能参与川崎病的发病过程，像链球菌感染就被推测可能与川崎病的发生存在关联。细菌感染后，其病原体相关分子模式会激活机体的免疫系统，导致免疫紊乱，进而引发川崎病相关的炎症反应。
免疫因素相关
过度免疫激活：在川崎病患儿体内，免疫系统会出现过度激活的情况。机体的免疫细胞会大量被激活，释放出众多细胞因子和炎症介质，如白细胞介素 - 1、白细胞介素 - 6等，这些炎症介质会导致血管的炎症反应，引起血管内皮损伤等一系列病理改变，最终导致川崎病的发生和发展。免疫调节失衡：正常情况下，机体的免疫调节是处于平衡状态的，但在川崎病患儿中，这种免疫调节失衡。例如，调节性T细胞的数量和功能可能出现异常，调节性T细胞能够抑制过度的免疫反应，当它出现问题时，就无法有效抑制免疫细胞的过度激活，使得炎症反应持续存在，从而引发川崎病的相关症状。
遗传因素相关
遗传易感性：川崎病具有一定的遗传易感性，研究发现某些基因的多态性与川崎病的发病风险相关。比如人类白细胞抗原（HLA）系统中的一些基因位点，不同的基因亚型可能会影响个体对川崎病相关病原体的易感性以及免疫反应的强度，从而使携带特定基因亚型的人群更容易患上川崎病。不过，遗传因素并不是单独导致川崎病的唯一原因，通常是在遗传易感性的基础上，再加上感染等环境因素的共同作用才会引发川崎病。