川崎病的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与多种因素相关。目前认为川崎病可能是在遗传易感性基础上，由感染等因素触发机体异常免疫反应所导致。
感染因素相关
病毒感染： 有研究提示，多种病毒可能与川崎病发病有关，比如逆转录病毒、柯萨奇病毒等。不过具体是哪种病毒以及如何引发川崎病的详细机制还在进一步探索中。细菌感染： 链球菌等细菌感染也被怀疑可能参与川崎病的发病过程，但目前还没有确凿证据表明是直接的因果关系，只是在流行病学调查中发现川崎病发病前可能有过相关感染经历。
免疫因素相关
异常免疫激活： 川崎病患儿体内会出现免疫系统异常激活的情况，多种细胞因子和炎症介质被大量释放，比如白细胞介素 - 1、白细胞介素 - 6等明显升高，这些炎症介质会导致血管炎症等一系列病理改变。免疫复合物形成： 机体异常免疫反应可能导致免疫复合物在血管壁沉积，进一步加重血管炎症，影响血管的正常结构和功能，从而引发川崎病相关的血管病变等表现。
遗传因素相关
遗传易感性： 研究发现川崎病具有一定的遗传易感性，有部分患儿存在特定基因的突变或基因多态性，使得他们相对于其他人更容易在感染等诱因下发生川崎病。不过遗传因素并不是单独致病的原因，而是与环境等其他因素共同作用才可能导致发病。