指甲凹凸不平有小坑可能由多种因素导致，比如灰指甲、皮癣、营养不良等。
一、灰指甲：若指甲受到皮肤癣菌感染，像红色毛癣菌、须癣毛癣菌等，就可能出现指甲凹凸不平、易脆、变黄等状况。这是因为这些癣菌会侵蚀指甲，破坏其正常结构和形态。
二、皮癣：当患者患有银屑病时，可能使指甲的甲板产生凹陷，且分布不规则，出现甲凹点等情况。银屑病引发的免疫反应会累及指甲，从而导致指甲的异常表现。
三、营养不良：如果患者存在营养不良的问题，例如身体缺乏维生素A或者钾元素、锌元素等，会致使指甲呈现变厚、浑浊、粗糙等症状。营养元素的缺乏会影响指甲的正常生长和发育。
总之，对于指甲凹凸不平有小坑的患者，应及时就医，明确具体病因后进行针对性治疗。