指甲凹凸不平有小坑可能由多种因素导致，比如灰指甲、皮癣、营养不良等。
一、灰指甲：若患者指甲受到皮肤癣菌如红色毛癣菌、须癣毛癣菌等感染，就可能出现指甲凹凸不平、易脆以及变黄等状况。主要是因为这些病菌侵袭指甲，破坏指甲的正常结构和生长，从而引发一系列异常表现。
二、皮癣：当患者患有银屑病时，可能致使指甲的甲板产生凹陷，呈现不规则分布且有甲凹点等情形。这是由于银屑病这种疾病对指甲产生了不良影响。
三、营养不良：如果患者存在营养不良问题，比如身体缺少维生素A或是钾元素、锌元素等，都有可能导致指甲出现变厚、浑浊以及粗糙等症状。这是因为这些营养物质对于指甲的健康生长起着重要作用，缺乏它们就会使指甲出现相应的异常。
总之，对于指甲出现凹凸不平有小坑的患者，建议及时就医，以便明确病因并进行针对性治疗。