月经结束之后腰疼厉害可能由多种原因引起，其中一种情况是生理性因素，比如月经期盆腔充血等导致的不适可能在月经结束后仍有残留，一般这种情况可能会持续数天。而如果腰疼厉害持续不缓解或有其他异常，就要考虑病理性因素。
可能的生理性原因
激素变化影响：月经周期中激素水平波动，月经结束后激素调整可能还未完全稳定，少数女性可能会出现腰部不适。一般这种情况引起的腰疼程度相对较轻，多可自行缓解。盆腔充血未完全消退：月经期间盆腔处于充血状态，月经结束后可能不会立刻完全恢复，部分女性仍会有盆腔轻微充血，进而牵扯腰部出现疼痛，通常疼痛程度不会很严重，多数在短时间内可缓解。
可能的病理性原因
妇科疾病相关：盆腔炎：如果女性本身有盆腔炎病史，月经结束后可能诱发腰疼厉害。盆腔炎是女性上生殖道感染性疾病，除了腰疼，还可能伴有阴道分泌物增多、下腹部疼痛等症状。子宫内膜异位症：患有子宫内膜异位症的女性，月经结束后也可能出现腰疼厉害的情况。子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位，每次月经时异位的内膜也会出血，刺激周围组织引起疼痛，还可能伴有痛经、月经异常等表现。腰椎疾病相关：腰肌劳损：长期久坐、久站、劳累等可能导致腰肌劳损，月经结束后也可能显现出腰疼厉害的症状。腰肌劳损是腰部肌肉及其附着点筋膜或骨膜的慢性损伤性炎症，腰部会有酸痛或胀痛，疼痛可随气候变化或劳累程度而变化。腰椎间盘突出症：本身有腰椎间盘突出症的女性，月经结束后也可能发作出现腰疼厉害。腰椎间盘突出会压迫神经，除了腰疼，还可能伴有下肢放射性疼痛、麻木等症状。