唇腭裂一般是多种因素共同作用引起的，其中遗传因素是重要原因之一，约有20%左右的唇腭裂患儿是由于遗传因素导致，比如家族中有唇腭裂患者，后代患病风险会增加。
遗传因素方面
单基因遗传：某些单基因的突变可能会引发唇腭裂，比如一些与面部发育相关的基因发生突变，就可能导致胚胎在发育过程中出现唇腭裂的情况。多基因遗传：唇腭裂也受多基因遗传的影响，是多个基因与环境因素相互作用的结果，当多个致病基因的累加效应达到一定程度，再加上环境因素的触发，就容易导致唇腭裂的发生。
环境因素方面
母体孕期感染：孕妇在孕期如果感染了如风疹病毒等病原体，就可能增加胎儿患唇腭裂的风险。研究发现，怀孕早期感染风疹病毒，胎儿发生唇腭裂的几率比正常孕妇要高很多。母体孕期营养不良：孕妇在孕期缺乏某些重要的营养物质，像叶酸等，会影响胚胎的正常发育，增加唇腭裂的发生概率。如果孕妇孕期叶酸摄入不足，胎儿面部发育过程中就可能出现异常，导致唇腭裂。母体孕期接触有害物质：孕妇在孕期接触了一些有害物质，比如长期接触农药、铅等，这些有害物质可能会干扰胚胎的正常发育，进而引发唇腭裂。
药物因素方面
某些药物影响：孕妇在孕期服用了一些特定的药物，例如某些抗癫痫药物等，也可能导致胎儿出现唇腭裂。这些药物可能会通过影响胚胎的发育过程，使得面部结构的形成出现障碍，从而引发唇腭裂。