三叉神经痛的病因主要与血管压迫、神经损伤及病变等因素有关。其中血管压迫较为常见，约有 90%以上的原发性三叉神经痛是由于三叉神经根部受到小血管压迫所致，比如小脑上动脉、小脑前下动脉等血管的异常搏动压迫神经。
血管压迫因素
血管异常搏动： 正常情况下，血管与三叉神经关系正常，但随着年龄增长，脑血管可能会发生生理性退变，导致血管搏动增强，长期压迫三叉神经根部，使得神经纤维的髓鞘受损，进而引发神经冲动异常，引发疼痛。一般在中老年人中更易出现这种因血管退变导致的压迫情况。血管畸形影响： 极少数情况下，存在先天性的血管畸形，如动脉瘤等，也会对三叉神经造成压迫，从而引发三叉神经痛。这种情况相对较为少见，但一旦出现，也会导致疼痛症状的发生。
神经损伤因素
外伤导致： 面部受到严重外伤，如车祸、摔倒等导致面部三叉神经区域受伤，可能会引起神经损伤，进而引发三叉神经痛。比如面部遭受撞击后，神经传导出现异常，就可能触发疼痛信号的异常传递。手术损伤： 面部或颅内的一些手术，如三叉神经感觉根切断术等，如果手术操作不当，可能会损伤三叉神经，术后有引发三叉神经痛的风险。例如在进行某些颅内肿瘤手术时，若涉及三叉神经区域的操作失误，就可能影响神经功能，导致疼痛出现。
神经病变因素
肿瘤压迫： 颅内的一些肿瘤，如听神经瘤、脑膜瘤等，当肿瘤生长到一定大小，可能会压迫三叉神经，导致神经传导异常，引发三叉神经痛。肿瘤的压迫会逐渐改变神经周围的环境，影响神经的正常功能，从而引发疼痛症状。多发性硬化影响： 多发性硬化是一种中枢神经系统的自身免疫性疾病，会导致神经髓鞘脱失，影响神经传导。当三叉神经受到累及，就可能出现三叉神经痛的症状。这种情况相对来说发病率较低，但一旦发生，也会给患者带来较大痛苦。