三叉神经痛的病因目前尚未完全明确，一般认为主要与以下因素相关。首段：三叉神经痛的常见原因主要包括血管压迫和神经脱髓鞘等情况，比如约70%-80%的原发性三叉神经痛是由于颅内微血管压迫三叉神经根部引起的。
血管压迫因素
血管结构异常： 颅内的动脉血管发生迂曲、扩张等异常情况时，就可能对三叉神经造成压迫。随着年龄增长，血管会出现一定程度的退变，这种压迫的几率会相对增加。血管搏动刺激： 正常情况下，血管搏动一般不会对三叉神经造成伤害，但如果血管与三叉神经关系密切，血管的搏动就可能反复刺激三叉神经，导致神经异常放电，从而引发疼痛。
神经脱髓鞘因素
神经髓鞘受损： 三叉神经的髓鞘起到绝缘等重要作用，当髓鞘受到损伤发生脱髓鞘改变时，神经的电信号传导就会出现紊乱。比如一些炎症、外伤等因素可能损伤神经髓鞘，使得神经纤维之间的电信号发生“短路”，进而引发异常的神经冲动，导致三叉神经痛发作。自身免疫因素： 机体自身的免疫系统出现异常时，可能错误地攻击三叉神经的髓鞘，引起脱髓鞘。虽然具体机制还不完全清楚，但自身免疫因素在神经脱髓鞘导致三叉神经痛中起到一定作用。
其他可能因素
遗传因素： 有研究发现，三叉神经痛可能存在一定的遗传倾向。如果家族中有亲属患有三叉神经痛，那么其他人患该病的风险可能会相对高一些，但具体的遗传方式等还需要进一步深入研究。精神因素： 长期的精神紧张、焦虑、抑郁等情绪状态可能会诱发或加重三叉神经痛。因为精神因素会影响神经系统的功能调节，当精神处于不良状态时，可能会使得神经对疼痛的敏感性增加，从而更容易引发三叉神经痛的发作。