怀孕三个月腰疼可能由生理原因及病理原因导致，比如缺钙、腰椎疾病等。
一、生理原因：
1.在怀孕三个月时，子宫会逐渐变大，这会使身体重心前移，而女性为了维持重心平衡，就可能出现腰部疼痛现象。
2.怀孕后通常运动量减少，长时间久坐也容易引发腰疼。
二、缺钙：
怀孕三个月后，胎儿的发育对钙的需求增大，如果没有及时补钙，就可能导致腰疼情况的出现。所以在孕期及时补充钙质是非常重要的。
三、腰椎疾病：
少数孕妇在孕前可能本身就有椎间盘突出或椎间盘膨出等情况，平时临床症状可能并不明显，但随着怀孕后体重的增加，会使原有疾病进一步加重，从而可能导致在怀孕三个月时出现腰疼。
怀孕三个月腰疼需要予以重视。建议适当补充钙质，适度进行活动，观察腰疼是否有所好转。如果持续不缓解，就需要及时到当地医院妇产科就诊，查找原因，并针对性地制定治疗方案，以避免因腰疼而对胎儿及孕妇自身的身体状况产生不良影响。