怀孕三个月腰疼的原因包括生理原因与病理原因，如缺钙、腰椎疾病等。
一、生理原因：
1.在怀孕三个月时，子宫逐渐变大，会使身体重心前移，孕妇为保持重心平衡，就可能出现腰部疼痛现象。
2.怀孕后通常活动较少，久坐容易引发腰疼。
二、缺钙原因：
怀孕三个月，胎儿的发育会使对钙的需求量增加，如果没有及时补钙，便会导致腰疼情况出现，所以孕期及时补钙极为重要。
三、腰椎疾病原因：
少数孕妇在孕前可能就存在椎间盘突出或椎间盘膨出等情况，平时临床症状可能并不明显，但怀孕后随着体重增加，会使原有疾病进一步加重，从而可能导致怀孕三个月时出现腰疼。
怀孕三个月腰疼需要加以重视，建议适当补钙并进行适当活动，观察腰疼情况是否好转，若持续不缓解，就需要及时到当地医院妇产科就诊，找出具体原因，有针对性地制定治疗方案，避免因腰疼对胎儿及孕妇身体状况造成影响。