肾结石的形成与多种因素有关，通常是尿液中某些物质浓度过高，析出结晶逐渐形成结石。一般来说，尿液中钙、草酸、尿酸等成分排泄量增加是常见诱因。
代谢异常导致
尿液中成分异常： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排泄量过多时，就容易形成结石。比如，尿钙排泄增多，就会使尿液中钙的浓度升高，增加钙盐结石形成的风险；草酸排泄过多，当超过肾脏的排泄能力，草酸就可能与钙结合形成草酸钙结石。正常情况下，人体每天尿钙排泄量在200 - 250毫克，如果超过这个范围就需注意。尿酸代谢紊乱： 体内尿酸生成过多或尿酸排泄减少，会导致血尿酸升高，尿酸随尿液排出时，若尿液pH值偏低，尿酸就容易结晶析出形成尿酸结石。正常血尿酸水平，男性约150 - 416μmol/L，女性约89 - 357μmol/L，超出这个范围就可能有风险。
饮食因素影响
高草酸食物摄入过多： 像菠菜、苋菜、巧克力、坚果等食物富含草酸，长期大量食用会使体内草酸含量升高，进而增加肾结石形成几率。例如，每100克菠菜中草酸含量约为606毫克，经常大量吃菠菜，就可能导致尿液中草酸浓度升高。高嘌呤食物摄入过多： 动物内脏、海鲜、红肉等属于高嘌呤食物，嘌呤代谢后会产生尿酸，过多摄入高嘌呤食物会使尿酸生成增加，增加尿酸结石形成的可能性。一般建议每天嘌呤摄入量控制在300毫克以内，而动物内脏中嘌呤含量较高，100克猪肝中嘌呤含量约297毫克。
疾病与药物因素
某些疾病影响： 一些疾病会增加肾结石风险，比如甲状旁腺功能亢进症，患者甲状旁腺激素分泌过多，会导致血钙升高，进而使尿钙排出增多，容易形成钙结石；还有尿路感染，细菌感染会改变尿液的成分和酸碱度，有利于结石形成。某些药物作用： 长期服用某些药物也可能引发肾结石，例如噻嗪类利尿剂，它会使尿液中钙排泄增加；还有维生素D，过量服用会促进肠道对钙的吸收，导致血钙升高，增加结石形成风险。